Wyższa Szkoła Gospodarki od lat ściśle współpracuje z organizacjami zrzeszającymi przedsiębiorców (jest członkiem m.in. Pracodawców Pomorza i Kujaw – Związek Pracodawców, Bydgoskiego Klastra Przemysłowego, Bydgoskiego Klastra Informatycznego, Klastra Przemysłów Kreatywnych, Agro Klastra Kujawy). Współpraca ta zaowocowała realizacją licznych badań i wdrożeń na rzecz regionalnego biznesu, finansowanych m.in. od 2010 r. w ramach Bonów na innowacje (PO IG, PO IR), a od 2012 r. Voucherów badawczych (RPO Województwa Kujawsko-Pomorskiego).

Istotnym składnikiem ekosystemu innowacji Wyższej Szkoły Gospodarki są przedsiębiorstwa akademickie działające w formie spółek spin-off i spin-out. Są to m.in.:

1. KLASTER PRZEMYSŁÓW KREATYWNYCH SPÓŁKA Z OGRANICZONĄ ODPOWIEDZIALNOŚCIĄ, spin-off, 20 udziałów uczelni, rok powstania 2017.

2. OŚRODEK BADAWCZO-ROZWOJOWY INTEGRA-TOR, spin-off , 9 udziałów uczelni, rok powstania 2013.

Oprócz tego z uczelnią związanych jest ponad 10 spółek spin-out, które założyli pracownicy uczelni, aby komercjalizować wyniki swoich prac badawczych. Uczelnia wspiera związane z nią spółki spin-out organizacyjnie i doradczo.